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La historia gira en torno a Haruka Nanase, un muchacho al que siempre le ha gustado sumergirse en el agua y nadar. Antes de graduarse de la escuela primaria, participó en un torneo de natación junto a sus compañeros del club: Rin Matsuoka, Makoto Tachibana y Nagisa Hazuki. Tras conseguir la victoria Rin fue a estudiar natación a una escuela en Australia, mientras Haruka y Makoto pasaron a la secundaria de su ciudad. El tiempo ha pasado y tras llevar años sin verse, su amigo, un año menor que ellos, Nagisa, se cambió a la misma preparatoria que ellos y propuso formar un club de natación para su escuela y así poder nadar juntos otra vez.

Al enterarse que iban a derribar el viejo club de natación al que solían asistir, decidieron ir los tres juntos a desenterrar el trofeo que habían ganado con su amigo Rin, que se marchó al extranjero. Pero al llegar al club se enteran de que él ha regresado, haciéndose presencia ahí mismo. Rin reta a Haruka a una competencia de natación para demostrarle lo mucho que ha mejorado con los años. A Haruka no le interesan las competencias, ya que él solo nada estilo libre. Rin le gana a Haruka en el torneo regional, pero luego éste pierde en el torneo provincial. Haruka y sus amigos, mas el nuevo miembro del club de natación, Rei Ryugazaki, logran ganar la competencia de relevo en el torneo regional y pasan juntos al torneo provincial. Rin, frustrado por haber perdido en el torneo provincial de forma desastrosa, decide dejar la natación en el momento, yéndose del lugar donde el torneo era hecho.

Sus viejos amigos preocupados por la reacción de Rin, comenzaron a buscarlo. Haruka finalmente lo encuentra frente a un árbol que se parecía a uno que Rin solía admirar cuando estaban en primara. Ahí tienen una pequeña pelea, donde Rin ve que Haruka ha escrito en el piso, una frase que él había dicho aquella vez que jugaron el relevo: “For the Team”. Al ver esto, Rin se conmueve y Rei le cede su lugar en el relevo, volviendo a nadar así los 4 juntos y restaurando su vieja amistad.

Luego de la victoria del equipo Iwatobi, los dos equipos siguen sus caminos dejando de ser enemigos y convirtiéndose en amigos rivales. En Samezuka el entrenador Seijuurou deja el equipo ya que se trata de su último año y deja a Rin a cargo de ser el nuevo entrenador, así finaliza su escena sin antes advertirle que entrará una persona peligrosa y que cambiará completamente el equipo. Rin luego de reconocer a Sousuke que se ha transferido a su escuela, le pide que vayan al Iwatobi SC Returns a nadar relevos junto a Nitori. Se dan cuenta que les hace falta un integrante y es cuando conocen a Momotarou. Los cuatro juntos forman un equipo y se convierten en el equipo oficial de relevos para el torneo regional. Así mismo Iwatobi mejora sus técnicas y cada vez acortan más su tiempo. En el torneo provincial, Haruka y Rin ganan primer lugar en diferentes carreras lo que permite que los reclutadores los busquen por todos lados para darles oportunidades de nado profesional. Pero Haru no se muestra nada interesado, aún con la presión de todas las personas diciéndole lo que significará para su futuro. Makoto se da cuenta de la incomodidad de Haru al hablar del tema y comienza a preocuparse por como realmente se siente. Haru comienza a tener pesadillas sobre la presión de sus amigos y cuando el día de las regionales llega, durante su carrera, se detiene en medio de la piscina mientras los demás siguen nadando. Rin disgustado sermonea a Haru sobre lo que acaba de hacer, Haru enfurecido le dice que él no nada por un futuro ni por un sueño al contrario de Rin y que él nada solamente por si mismo y por sus amigos. Luego se muestra una escena donde se puede ver a Sousuke destrozado en una ducha lamentando su hombro herido. Rin se preocupa por Sousuke y lo hace confesarle la verdad, Sousuke le confiesa como se ha sentido desde que Rin se fue y que su único sueño fue destrozado por su hombro pero desde que Rin volvió encontró un nuevo sueño y era nadar con Rin como verdaderos amigos. Rin destruido por sus palabras rompe en llanto y Sousuke lo convence para dejarle participar quizá por última vez en el relevo. Haru escucha todo y decide dar lo mejor con su equipo para honrar el hombro y el sueño de Sousuke. En un momento tenso, Iwatobi sale victorioso del relevo y pasan a las nacionales. Sousuke le agradece a Rin y este nuevamente comienza a llorar, diciéndole que tardo demasiado en darse cuenta. El torneo nacional se acerca y así también su futuro , Haru se encuentra aun más presionado por sus amigos, mientras tanto Rei y Nagisa se dan cuenta que el torneo nacional será la última vez que naden como un equipo pues Haruka y Makoto terminaran la preparatoria. Haru enloquece por la presión y tiene una pelea con Makoto donde este le dice que partirá a la universidad de Tokio dejándolo a Haru completamente sorprendido y desolado. Mientras tanto parece que Rin volverá a Australia y se llevara a Haru con él. Estando ya en Australia, Rin le confiesa a Haru que siempre lo ha admirado y que desea que tenga en claro su futuro sin presionarse, le muestra una piscina olímpica haciéndole ver que la vida como nadador olímpico no es tan mala, esto ocasiona que Haru se dé cuenta en realidad lo que desea hacer en su futuro, y se lo dice a Rin. Haruka finalmente enfrentó sus miedos y habla con Makoto, Rei y Nagisa acerca de su futuro. Enterraron una caja con los sentimientos del Club de Natación Iwatobi que se convierten en uno. Por uno mismo, por los amigos. ¡Ahora comienza la competencia que los unirá hacia el futuro! Final.

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